국립환경과학원은 2007년에 백두대간보호지역 중에서 속리산 형제봉~지리산구간(240㎞)에 대한 생태계조사를 실시하였는데, 지형, 식생, 식물상, 조류, 포유류, 담수어류, 양서파충류, 육상곤충, 저서무척추동물 9개 분야에 64명의 전문가들이 함께했다.

조사지역 모든 구간에 걸쳐 나타난 나무들은 잣나무, 일본잎갈나무, 리기다소나무 등이 넓게 분포하고 있었다. 하지만 일부지역에서는 신 갈나무 등이 자연식생으로 천이가 진행 중인 것으로 나타나 장기적으로는 이들 숲들이 백두대간 고유의 특성을 가진 자연림으로 다시 돌아갈 수 있는 것으로 나타났다.

이번 조사지역이 597.64㎢ 임에도 불구하고 식물 594종, 곤충 1,142종 총 1,736종이 발견되어 대부분이  능선임을 고려할 때 매우 다양한 종이 출현한 것으로 특이한 것은 멸종위기에 있는 야생 동식물 13종은 물론 비롯한 다양한 개체들이 발견되어 백두대간보호지역이 생물다양성의 보고임을 확인할 수 있었다.

발견된 멸종위기 야생 동식물 중 구렁이, 조롱이, 벌매는 과거조사 즉 1999년부터 2002년 3년간 전국자연환경조사에서 미처 발견되지 않았던 것들로 백두대간 생태계가 아직 건재함을 잘 나타내고 있다.

"보호지역 중 일부구간은 목장, 농경지, 등산로, 묘지 등 인간간섭이 빈번하고 식생 피도가 낮은 산림가장자리에 돼지풀, 개망초, 애기수영, 토끼풀 등의 귀화식물이 자라고 있어 지속적인 관리가 필요한 것으로 나타났다. 올무 등의 야생동물 밀렵흔적이 확인되어 멸종위기야생동물 보호를 위한 홍보 및 단속강화 등의 보호조치가 필요하다."고 이번 조사에 함께한 관계자는 말한다.

이번 조사결과는 "백두대간보호에 관한 법률"을 기초로 하여 2005년 12월에 수립한 백두대간보호 기본계획에 따라 백두대간 전체 684km구간 중 240km를 처음으로 정밀 조사한 것이다

환경부는 앞으로도 2008년 속리산~태백산권역, 2009년 태백산~설악산 일부지역, 2010년 설악산 잔여지역까지 정밀조사를 하여 자료를 축적하여 백두대간보전 및 복원계획 수립, UNESCO 생물권보전지역 지정 등의 기초자료로 활용하고, 5년마다 동일지역을 지속적으로 조사하여 생태자원의 변화추이를 관찰해 나갈 계획이라고 밝혔다.