소백산국립공원 자연자원조사는 2007년 3월부터 12월까지 동․식물, 지형․지질, 인문환경 등 18개 분야에 대하여 국립공원연구원 소속 연구원들과 분야별 전문가들이 함께 조사단을 구성하여 실시하였다.

조사내용을 분석한 결과 가시오갈피나무, 수달, 까막딱다구리 등 멸종위기 동․식물 19종과 수리부엉이, 붉은배새매 등을 비롯한 천연기념물 7종이 서식하고 있는 것으로 확인되었다. 특히 거미류, 고등균류, 식물플랑크톤 및 부착조류 분야에 대한 특별 조사를 실시하였다. 그 결과 소백산국립공원에는 거미류 126종, 고등균류 131종, 플랑크톤 및 부착조류 130종이 서식하고 있는 것으로 밝혀졌다. 이번 조사를 통해 1997년 제1기 조사에 이어 10년 만에 실시된 두 번째 조사로써 자연자원 종수는 1기에 조사된 2,741종에 비해 877종(32%)이 증가한 3,619종으로 나타났다.